Die Fachschaftskoordination (Fako) versteht sich als Bindeglied zwischen dem RefRat und den Fachschaftsvertretungen von HU und Charité. Dabei soll der Informationsaustausch zwischen den Fachschaftsvertretungen zu verschiedenen Bereichen der Fachschaftsarbeit erleichtert und die Koordination gegenseitiger Unterstützung der Fachschaftsvertretungen und gemeinsamer Aktivitäten ermöglicht werden. Die Anliegen der Fachschaftsvertretungen werden gegenüber den Gremien auf Universitätsebene unterstützt.

Das Fako-Referat ist außerdem für die Fachschaftsräte- und -initiativenversammlung (FRIV) der Humboldt-Universität zu Berlin zuständig. Dabei vertritt das Fako-Referat die FRIV nach außen, beruft die FRIV-Sitzungen ein und leitet diese. Mehr zur Arbeit der FRIV gibt es auf der Website.